Det er som udgangspunkt den samlede kommission, der træffer afgørelse. Der kan dog i en sag også træffes afgørelse af Overerstatnings- og taksationskommissionen, når formanden og mindst to andre medlemmer er til stede. Såfremt der foreligger stemmelighed, er formandens stemme afgørende.
Formanden kan uden medvirken af kommissionens øvrige medlemmer træffe afgørelse om aktindsigt og processuelle spørgsmål, fx klage over afslag som følge af overskridelse af ansøgningsfristen.
Overerstatnings- og taksationskommissionen kan begrænse sin prøvelse af en afgørelse til de forhold, der er klaget over. Hvis der er flere klagepunkter, kan kommissionen begrænse prøvelsen til de væsentligste forhold. Afgørelsen efterprøves i sin helhed, hvis kommissionen vælger ikke at begrænse prøvelsen.
Kommissionerne kan bistås af særligt sagkyndige. Det er formanden, der anmoder om særlig sagkyndig bistand. Såfremt sagens parter anmoder om, at der indhentes særlig sagkyndig bistand, træffer formanden beslutning om, hvorvidt anmodningen skal imødekommes. Påtænker formanden at udpege en særligt sagkyndig med viden inden for minkproduktion, pelsindustri og fodervirksomheder m.v., hører formanden sagens parter herom forud for udpegelsen.